E' possibile personalizzare il programma impostando varie opzioni procedendo sia da Millewin che da Mille Utilità.
Mille Utilità => Manutenzione => Opzioni
Millewin => Medico => Opzioni

Il simbolo colorato a fianco di ciascuna opzione indica il soggetto detentore:
- rosa: riservata all'amministratore;
- giallo: riservata al titolare (valida per tutti i pazienti del titolare);
- verde: personale (valida solo quando l'utente lavora);
- bianco: legata al PC (indipendentemente dall'utente che sta lavorando).

Sul folder “GENERALI” sono presenti opzioni che consentono di personalizzare le stampe, la visualizzazione della cartella del paziente, le impostazioni di sicurezza e l'operatività, la lista problemi, gli avvisi, la postazione di segreteria.
Sono presenti, anche, tre pulsanti (Modalità predefinite) che consentono di impostare in automatico le opzioni che, da una ricerca effettuata su vari database di utenti Millewin, sono risultate le più utilizzate secondo la tipologia dell'utente.
Le opzioni attivate automaticamente scegliendo la modalità:
1. MMG (Medico Medicina Generale) sono:
- in Operatività: "Ripetizione automatica concessione farmaco con nota", "Attiva parziale automatismo sui Continuativi";
- in Lista Problemi: "Segnala problemi probabilmente inattivi";
- in Visualizza: "Mostra griglia", "Mostra testata".
2. PLS (Pediatra Libera Scelta) sono:
- in Operatività: "Ripetizione automatica concessione farmaco con nota", "Attiva parziale automatismo sui Continuativi", "Archivia automaticamente Certificati, Lettere, Cartella";
- in Lista Problemi: "Segnala problemi probabilmente inattivi";
- in Visualizza: "Mostra griglia", "Mostra testata".
3. MMG cmop (Medico Medicina Generale cartella medica orientata per problemi) sono:
- in Operatività: "Ripetizione automatica concessione farmaco con nota", "Modalità problema obbligatorio", "Attiva parziale automatismo sui Continuativi", "Archivia automaticamente Certificati, Lettere, Cartella";
- in Lista Problemi: "Espandi", "Abilita pseudoproblema 'Procedure di prevenzione' ", "Mostra sempre quadri SOVP", "Segnala problemi probabilmente inattivi";
- in Visualizza: "Mostra griglia", "Mostra testata".

Facendo clic sul folder “MODULO AUTOMATISMI E CALCOLI” è possibile attivare il calcolo automatico per le esenzioni.
MAC è il Modulo Automatico per il Calcolo delle esenzioni.
Inserito, provvede direttamente ad attribuire l’esenzione corretta al farmaco, all’accertamento o alla richiesta prescritta in rapporto alle esenzioni del paziente.
Millewin viene fornito con MAC attivato.
MAC può essere:
- disattivato;
- attivato;
- attivato con controllo codifica dei problemi (scelta consigliata).

Se viene attivato con controllo codifica dei problemi, MAC, al momento dell’inserimento di una patologia, segnala se il paziente ha diritto ad un’esenzione  e, viceversa, al momento dell’inserimento di un’esenzione, se non è presente una patologia corrispondente, chiede di codificare uno dei problemi presenti o di provvedere ad un nuovo inserimento.

L'automatismo può essere completo ed automatico oppure, se il medico lo desidera, è possibile controllare, prima della stampa, la correttezza delle esenzioni assegnate.
Per far questo mettere un flag in corrispondenza della voce “Chiedi sempre conferma quando attribuisci esenzioni”. Dopo la prescrizione, di fronte ad un caso dubbio o ad un’esenzione non corretta, MAC propone le sue scelte.
È possibile controllarle e variarle.

Facendo clic sul folder “BACKUP”:
- Selezionare la cartella o il supporto rimovibile sul quale deve essere eseguito il salvataggio completo dei dati
- Inserire il numero di giorni trascorsi i quali il programma segnalerà la necessità di eseguire il salvataggio dei dati.

Cliccando sul folder "PROTOCOLLI" è possibile attivare e visualizzare lo stato del protocollo.